SOCKS対応のアプリならアプリ側の設定でSOCKSの設定をすればいいけど、非対応のアプリをSOCKS経由で動かしたいときなんかはラッパーアプリを使うことになる。
Linuxではdante-clientのsocksifyとかtsocksあたりを使えばいい。
WindowsではSocksCapとかその後継のeBorder Driverあたりがあったんだが、どうも開発終了したのか見あたらない。
一応proxifierっつーシェアウェアはあったんだけど、約40$。
トライアル31日。
あとSocksChainってのもあった。
こっちもシェアウェア。
今現在はフリーウェアはみあたらない。

2010/04/08追記
コメントから投稿があり、FreeCapなるものがあった。
ダウンロードしてみたらすでにダウンロードしてあり。。。設定もしてあるな。。。試してたんだなこれ。。。
で、いじってみたところ、Windows7 x64環境ではまともに動作しない。
XPまでなら動くかも？

2012/03/15追記
WideCapなるものがあった。
FreeCapと同じ作者。
Windows7 64bitではSocks経由で接続させるプログラムを個別に指定することが出来なかったが、システムレベルで試してみたら動作した。
ざっくりとした設定の流れとしては、まず New Proxy で利用するSocksプロキシの設定をする。

New rule でプロキシで利用するchainのルールを作成。
まあローカルネットワークは直接接続くらいであとはお好みで。

View programs でProxify all programsのWhole systemでさっき作ったルールを指定。

これでとりあえず使えた。
たぶん本当はここにいろんなプログラムが出てくるんだろうけどWindows7 x64だと、見ての通りなにも出てこないので、socksifyするプログラムを個別指定することはできないみたい。