なんのためにするかっていうと、まあ、ソース調査したいときありますよね。
主にMOD作ったりPlugin作ったりするときに。
そのためにMinecraftのjarからクラスファイルを引っ張り出してデコンパイルしてソースに戻します。
俗に言うリバースエンジニアリングってやつ。
ということで、そのやり方。

Minecraft Coder Packを使う。
普通のJava DecompilerのJD-Eclipseとかだとなんかうまくいかんのよね。
なんかパック的なことでもやってるんかもね。

まず、JDKを入れる。
JREじゃなくてJDKね。
必要ならPATHを通す。
C:Program FilesJavajdk1.6.0_24bin;C:Program FilesJavajre6bin
このあたりを。
でも、なんかWindows7 x64だとPATHの設定しなくてもjavaとかはじけるので設定しないでよかった。

で、MCPをDLしたら、適当なフォルダに解凍して設置。

んで、肝心の対象をMCPのjarsフォルダに入れる。
サーバのjarは公式から落とす。
minecraft_server.jarってやつね。
クライアント側のは
%APPDATA%.minecraft
にある

bin
resources

フォルダをコピペする。

以上で準備は完了。

あとはMCPのdecompile.batをたたけば、src以下にserverおよびclientのソースファイルが展開される。

ちなみに、展開されたソースをEclipseで扱いたい場合の簡単な方法は、EclipseのワークスペースにMCPのEclipseフォルダを指定すればいい。
するとServerとClientのJavaプロジェクトができあがってる。
普通に新規プロジェクトウィザードで外部ソース指定でももちろんいい。